Основними завданнями Секретаріату є організаційне, правове, консультативне, інформаційно-аналітичне та інше забезпечення діяльності Уповноваженого з метою реалізації Уповноваженим своїх функцій, а саме:
Секретаріат відповідно до покладених на нього завдань за розпорядженням та у межах, визначених Уповноваженим:
- забезпечує взаємодію Уповноваженого з державними органами, громадськими об’єднаннями, професійними спілками, організаціями роботодавців, відповідними органами іноземних держав і міжнародних організацій, а також з підприємствами, установами та організаціями незалежно від форми власності, громадянами, іноземцями та особами без громадянства щодо розшуку осіб, зниклих безвісти за особливих обставин;
- забезпечує підготовку для подання Мінреінтеграції аналітичних матеріалів та пропозицій щодо заходів з удосконалення системи розшуку осіб, зниклих безвісти за особливих обставин, у тому числі проектів актів Кабінету Міністрів України із зазначених питань, а також планів заходів;
- обробляє та надає Уповноваженому інформацію, що може сприяти розшуку осіб, зниклих безвісти за особливих обставин;
- організовує утворення пошукових груп з пошуку осіб, зниклих безвісти за особливих обставин;
- організовує ведення переговорів Уповноваженого з гуманітарними місіями, громадськими об’єднаннями, благодійними організаціями та фізичними особами, які провадять діяльність та/або перебувають на тимчасово окупованих територіях України, з метою розшуку осіб, зниклих безвісти за особливих обставин, в установленому законодавством порядку;
- сприяє поверненню тіла (останків) та особистих речей особи, зниклої безвісти за особливих обставин, її родичам;
- вживає заходів для забезпечення надання близьким родичам та членам сім’ї осіб, зниклих безвісти за особливих обставин, необхідної інформації щодо звіту про ідентифікацію або результати розслідування зникнення особи;
- здійснює моніторинг виконання заходів щодо розшуку осіб, зниклих безвісти за особливих обставин, та організовує витребування у відповідних органів Національної поліції інформації про результати виконання таких заходів на будь-якій стадії їх проведення на підставі запиту від заявника або за власною ініціативою;
- організовує прийом громадян, роботу колл-центру та організацію роботи зі зверненнями;
- висвітлює діяльність Уповноваженого у засобах масової інформації, на офіційному веб-сайті Міністерства та у соціальних мережах.